株式 保有 特定 会社 評価の基礎と実務ガイド

（2025年12月27日現在、国税庁の財産評価基本通達等を参照し要点を整理）

株式等保有特定会社（株式保有特定会社）とは

本稿は「株式 保有 特定 会社 評価」を中心に、相続税・贈与税の非上場株式評価に影響を与える税法上の分類である「株式等保有特定会社（以下、株特）」について解説します。特に、判定基準・評価方式・S1＋S2の仕組み、いわゆる「株特外し（株式等保有特定会社から外れる対策）」や税務調査時の争点まで、実務で必要なポイントを網羅します。この記事を読むことで、経営者や相続対策を検討する方は、判定の流れと実務上の意思決定に必要な知識が得られます。

定義と判定基準

判定式と判定時点

「株式 保有 特定 会社 評価」の判定は、一般に次の式で行われます：
株式等の相続税評価額合計 ÷ 総資産の相続税評価額合計 ≧ 50%。

判定の基準日は課税時期（通常は被相続人の死亡時等）です。相続税評価は財産評価基本通達に基づき行われ、各資産は通達に定める評価方法で相続税評価額に置き換えられます。判定時点の評価で株式等の占める割合が50％以上であれば「株式等保有特定会社」に該当することになります。

除外・例外

判定にあたっては次のような例外や特例が存在します。開業3年未満の会社や休業中・清算中の会社については、通常の判定が適用されない場合があります。また、議決権など経営支配の状況や同族関係による細かな按分が必要となるケースもあるため、単純な比率判定だけで結論づけてはなりません。

判定の基礎となる「株式等」の範囲

含まれるもの

「株式等」には以下が含まれます（財産評価基本通達等に準拠）：

• 上場・非上場の株式
• 法人に対する出資金（持分）
• 新株予約権付社債に係る株式の性質を有する部分
• 外国株式（評価方法は通達の規定に準拠）
• 株式制のゴルフ会員権など、実質的に株式と同様の性格を持つ出資

含まれないもの（代表例）

一方、次の項目は「株式等」から除外されることが多いです：

• 証券投資信託の受益証券（通達上の取り扱いに依る）
• 匿名組合の出資持分等（商法上の性格による）
• 短期性の金融商品で通達上評価対象外とされるもの

株式等保有特定会社が及ぼす税務上の影響

株特に該当すると、相続税評価で非上場株式が原則的に純資産価額方式で評価される点が最も大きな影響です。純資産価額方式は会社の資産時価を反映するため、含み益が大きい場合など評価額が高くなりやすく、相続税負担が増加する傾向があります。

また、同族株主と同族外株主で適用される評価方式が異なる点も重要です。同族株主が相続・贈与で取得する場合には原則的評価が適用されやすく、同族外（第三者）株主へ譲渡される場合には配当還元方式などが考慮される場面が存在します。

株価評価の主要方式（比較と適用条件）

純資産価額方式

純資産価額方式は、会社の資産を時価で評価し負債を控除して算出する方法です。評価対象となる資産は、土地・建物・有価証券等それぞれ通達に従って時価評価されます。ポイントは含み益が評価額に直結することと、資産構成が自己資本や金融資産に偏っている企業で評価が高くなる点です。

類似業種比準方式（補足）

類似業種比準方式は、上場会社の株価指標（配当、利益、純資産）と比較して評価する方式です。通常の非上場会社評価で用いられますが、「株式 保有 特定 会社 評価」に該当する会社では原則的に適用が制限されるため、直接の適用は難しい場合が多いです。

配当還元方式

配当還元方式は、会社が将来生む配当収益を基礎に株価を評価する方式です。同族外の株主が取得する想定で適用されることが多く、事業継続性や収益性が重視されます。配当性向や利回りの設定によって評価に差が出やすい方式です。

各方式の比較（短評）

概括すると、純資産価額方式は資産基準で評価が上振れしやすく、類似業種比準方式は業績を基準にするため利益体質を重視します。配当還元方式は将来収益の安定性がポイントです。株特に該当する場合は純資産価額方式が中心になるため、評価額が高くなるリスクを意識した対策が重要です。

S1＋S2方式（併用評価）の仕組みと適用実務

S1／S2の定義

S1＋S2方式は会社資産を事業用資産等の「S1」と、株式等の金融資産を中心とする「S2」に区分して評価する方法です。S1は事業性のある資産を中心に類似業種比準や配当還元等の手法で評価し、S2は純資産価額方式で評価して合算します。

計算方法の流れ

1. 資産をS1（事業用）とS2（株式等・金融性資産）に区分
2. S1部分を類似業種比準方式や配当還元方式で評価（事業価値を反映）
3. S2部分を純資産価額方式で評価（保有株式等の時価反映）
4. 評価結果を合算し、会社全体の評価額を算出

この併用は、事業性と保有株式の性格が明確に分かれる場合に有効で、場合によっては単純な純資産価額方式より評価を低減できる可能性があります。

実務上の選択判断

S1＋S2方式を採用するには、資産の区分が明確であること、かつS1部分に事業性が認められることが前提です。税務当局は資産区分の合理性を重視するため、帳簿や取引履歴、事業計画などの証拠書類で説明できるよう準備する必要があります。

株特外し（株式等保有特定会社から外れる対策）

代表的手法

「株式 保有 特定 会社 評価」に該当しないようにする、いわゆる株特外しの手法は複数あります。代表的なものを列挙します：

• 不動産や機械など事業用資産の取得により株式等比率を下げる
• 保有株式の売却や外部への譲渡、株式の分散化（第三者への譲渡）
• 現預金を保険・投資信託・固定資産等に振替え、金融資産の比率を下げる
• グループ再編による資産移転（ただし合理性と時系列の説明が必須）

税務当局の抑止条項と否認リスク

財産評価基本通達189の趣旨では、課税時期前の合理的理由のない構成変更は否認される可能性があります。短期間に便益目的で資産構成を変えて株特判定を回避しようとする行為は、税務調査で否認され、結果的に追徴課税や加算税の対象となるリスクがあります。

実務上の留意点

株特外しを検討するときは、単に比率を下げるだけでなく次の点に留意する必要があります：

• 取得する資産が事業性を有しない場合（収益性が低い不動産の取得など）、企業価値や将来的な税務負担が悪化する可能性
• 構成変更の合理的理由（事業戦略、設備投資計画等）を文書化し、時系列で示すこと
• 外部への株式移転は第三者との関係構築や評価交渉が必要である点

メリット・デメリット（組織運営と税務面）

メリット

• 明確な資産管理による経営の効率化
• 事業譲渡やMA時の柔軟性（資産と事業を切り分けやすくなる）
• 相続税評価の長期的最適化が可能になる場合がある

デメリット

• 相続税評価での不利（株特該当時の純資産価額方式による評価上昇）
• 組織再編・資産取得に伴うコストや運営負担の増加
• 税務調査リスクや、合理性を欠く変更は否認されるリスク

実務の判定フローと計算例（簡易モデル）

判定ステップ

基本の判定フローは以下の通りです：

1. 資産一覧（帳簿・時価評価）を作成する
2. 各資産を財産評価基本通達に従って相続税評価額に換算する
3. 株式等評価額合計 ÷ 総資産評価額合計 を算出する
4. 比率が50％以上なら株特該当と判断し、評価方式を選択する
5. S1＋S2等の併用適用の可否を検討する（資料を整備）

計算例（簡易）

例：総資産の相続税評価額合計 100百万円、うち株式等の評価額合計 60百万円の場合：

株式等比率 = 60 ÷ 100 = 60% → 50%を超えるため「株式等保有特定会社」に該当。

この場合、非上場株式の評価は原則として純資産価額方式が中心となり、評価額は高めに算出される可能性があるため、S1＋S2適用の可否や株特外しの検討が必要です。

税務調査・争点となりやすいポイント

税務調査で争点となりやすい事項は以下です：

• 評価基準の恣意的操作（時価評価の根拠不足）
• 資産移転のタイミング（課税時期直前の移転は否認されやすい）
• 資産区分（S1/S2）の合理性の説明不足
• 帳簿や契約書等の証拠書類の整備不足

税務調査に備え、評価の根拠・合理性を示す各種資料（査定資料、時価算定の計算書、契約書、取引履歴など）を整理しておくことが重要です。

関連法令・通達・参考資料

主要な根拠と参照先（代表例、名称のみ。外部リンクは掲載していません）：

• 財産評価基本通達（特に通達189、185等）
• 国税庁「（特定の評価会社の株式）」に関する解説資料
• 税理士法人等の解説記事（マルイシ税理士法人、税理士法人チェスター、OAG税理士法人 等）

（2025年12月27日現在、上記通達・解説が本稿の主たる参照資料です）

よくある質問（FAQ）

Q：持株会社と株式等保有特定会社の違いは？

A：持株会社は組織形態や事業目的を指す用語ですが、株式等保有特定会社は相続税評価上の分類基準に基づく評価上の区分です。持株会社が必ずしも株特に該当するわけではありませんが、保有株式比率が高い場合は株特に該当するリスクがあります。

Q：株特外しはいつから有効か？

A：構成変更が課税時期以前に行われ、その変更が合理的な事業目的に基づくものであると示せる場合は有効と判断される可能性があります。一方で、課税時期直前の変更で合理性が乏しい場合は否認リスクが高まります。

Q：S1+S2方式を選ぶメリットは？

A：資産を事業性と金融性に区分して評価することで、単純な純資産価額方式より評価を抑制できる場合があります。ただし区分の合理性と証拠の提示が必要です。

事業承継における実務的な対策と専門家への相談のすすめ

早期に専門家と連携した診断・シミュレーションを行うことが重要です。一般的な検討プロセスは以下の通りです：

1. 早期診断：現状の資産構成と相続税評価の試算
2. シミュレーション：各種評価方式（純資産・類似比準・配当還元・S1+S2）の比較
3. 合理的理由の整備：将来の事業計画や投資計画を文書化
4. スキーム設計と手続き：税理士・弁護士と連携し実行計画を作成

実務的には、単独での判断は危険です。評価の結論や「株特外し」の方法は資産構成や事業計画により大きく異なるため、税理士等の専門家による個別相談を強く推奨します。

付録A：用語集（主要用語の短い定義）

付録B：参考通達・判例（要点抜粋）

財産評価基本通達189（要旨）：課税時期前の資産構成変更については合理性を確認し、便益目的の短期変更は否認される可能性がある。通達の主旨は評価の恣意的操作を防ぐ点にある。

（上記は通達の趣旨を簡潔に要約したものであり、具体的適用は個別事案の事実関係に依存します）

実務チェックリスト（短縮）

1. 資産一覧を通達基準で作成しているか
2. 株式等の評価額と総資産比率を算出したか
3. S1/S2の区分に合理性があるか（証拠資料の整備）
4. 株特外しの計画に事業合理性があるか
5. 税務調査を想定した証拠書類（契約書、会議録、計画書）を保存しているか

まとめと次の一手

「株式 保有 特定 会社 評価」は相続税評価において重大な意味を持つ分類であり、判定結果は企業および相続人の税負担に直結します。早期に現状診断を行い、S1＋S2の活用や株特外しの合理的な検討を行うことが、将来の税務リスク軽減につながります。具体的な手続きや試算は事案ごとに異なるため、税理士等の専門家に早めに相談してください。

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出典・参考（抜粋）： 財産評価基本通達（通達189等）、国税庁解説、マルイシ税理士法人、税理士法人チェスター 等（2025年12月27日現在の公開解説を参照）。